Miles Morales, un adolescent afro-américain et portoricain qui vit à Brooklyn, tente de s'intégrer dans son nouveau collège à Manhattan. Mais la vie de Miles se complique quand il se fait mordre par une araignée radioactive et se découvre des super-pouvoirs : il est désormais capable d'empoisonner ses adversaires, de se camoufler, de coller littéralement aux murs et aux plafonds, et son ouïe est démultipliée... Dans le même temps, le plus redoutable cerveau criminel de la ville, le Caïd, a mis au point un accélérateur de particules nucléaires capable d'ouvrir un portail sur d'autres univers. Son invention va provoquer l'arrivée de plusieurs autres versions de Spider-Man dans le monde de Miles, dont un Peter Parker plus âgé...